AIに渡す指示を、CLAUDE.mdに全部書けばよいのか、それとも別ファイルに分けるべきなのか、迷ったまま手が止まっていませんか。AI駆動開発を始めたばかりの段階では、書籍や記事で「rulesを作る」「commandsを用意する」「skillsを設計する」と並列で言われ、自分のプロジェクトにどの順番で何を作ればよいのか見えない場面がよくあります。CLAUDE.mdは作ったものの、追記し続けると数百行に膨らみ、AIが後半を読んでいないように振る舞い、毎回同じ指示をプロンプトに雑に貼り直すループに入る、というのもよく聞く話です。
CLAUDE.md / rules / commands / skills / 通常プロンプトと言われても、それぞれが何のためにあるのか、最初の段階では正直わからないですよね。それぞれを公式ドキュメントで読んでも「定義」しか書かれておらず、「自分の作業のどれをどこに置くか」という判断基準は手元に残らないことが多いです。本記事はその判断基準だけに絞った内容で、定義の再掲は既存記事への内部リンクで吸収する構成にしています。
本記事を読むと、自分が普段 Claude Code に渡している指示を、CLAUDE.md / rules / commands / skills / 通常プロンプトの 5 つのどこに置くかを、繰り返すか・共通か・明示開始か・成果物固有かの 4 問いで判断できるようになります。さらに、最初から 5 つに分けず CLAUDE.md だけで始めて、3 回繰り返した指示や 200 行を超えた CLAUDE.md から段階的に分離していく 7 ステップと、4 つの経験則閾値も並べます。設定ファイルは増やすほど楽になるのではなく、増やしすぎると AI がどの指示を優先したか追えなくなる壊れ方が先に出る、という運用面の落とし穴にも触れます。
なお、本記事は「設定ファイルを分ける判断基準」に絞った教育記事です。commands / skills / rules / instructions の各定義の再掲、n8n と AI エージェントの使い分け、AI エージェント概論、ChatGPT / Claude / Gemini の料金比較などは扱いません。それぞれは関連する既存記事側で扱っているため、必要に応じて記事末尾のリンクから移動してください。
設定ファイルを増やすほど運用が壊れる場面
AIに書く指示はどこに残せばよいのか、増やしてよいのか分からないまま手を止めていませんか。本記事ではCLAUDE.md / rules / commands / skills / 通常プロンプトの5つを、置く場所ではなく置くかどうかの判断基準で並べ直し、自分の作業に合わせて分けられるようにします。設定ファイルは増やすほど楽になるのではなく、増やしすぎるとAIがどの指示を優先したか追えなくなる壊れ方が先に出ます。
AIが指示を取り違える壊れ方
設定ファイルが複数箇所に同じ指示を書き分けていると、AIはどれを優先したかが追えなくなります。同じ意味のルールがCLAUDE.mdとrulesの両方にある状態が代表で、矛盾していないかを毎回確認する運用に切り替わります。
たとえば「本文はです・ます調で書く」というルールを CLAUDE.md にも書き、rules ファイル側にも書いてしまうと、片方を更新したときにもう一方が古いまま残ります。AI はどちらを優先したのか毎回判定できないため、出力が安定せず、同じ依頼でも回によって文体が揺れる挙動を取り始めます。設定ファイルが分かれていることそのものが問題ではなく、「同じ意味の指示が複数箇所に重複している」状態が問題です。
判断基準としては、1 つのルールに対して書く場所は 1 箇所に固定し、別ファイルからはそのファイルを「単一参照源として参照する」という案内文だけを置く形が安定します。CLAUDE.md 側に「文体ルールは rules/writing-policy.md を単一参照源とする」と書き、本体は rules ファイル側に書く、という分け方です。
修正したい時に参照ファイルが見つからない場面
1つのルールを直したいときに、CLAUDE.md / rules / commands / skills のどこに書いたか思い出せない状態は、設定ファイルの粒度を見直す合図です。修正対象が1箇所に絞れないと、レビュー時に全ファイルを確認する作業が毎回発生します。
「画像のファイル名は <slug>-NN.png 形式」というルールを直したいとき、その記述が CLAUDE.md にあるのか、rules/image-naming.md にあるのか、rules/image-design.md にあるのか、.claude/agents/blog-writer.md にあるのか、を毎回 grep して回るような状態は、設定ファイルが「単一参照源」になっていないサインです。本来はファイル名ルールの本体は 1 箇所にだけ書き、他は参照リンクだけ持つ構造が望ましい運用です。
判断基準としては、修正対象を 1 箇所に絞れない場合、それは「設定ファイルが粒度別に分かれていない」のではなく、「同じ内容が複数箇所に書かれている (= 重複している)」のが原因です。先に重複を 1 箇所に統合し、他のファイルからは参照リンクに置き換える整理が必要になります。
設定ファイルの管理そのものが作業になる兆候
設定ファイルを増やしたことで作業が楽になるはずが、整理に時間が取られている場合は本来の目的から外れています。ファイル数が運用人数に対して過剰になっていないかを、月単位で棚卸しするきっかけになります。
ひとり運用のプロジェクトで rules ファイルが 20 個以上、commands が 10 個以上、skills が 5 個以上ある場合、自分自身が「どのファイルに何を書いたか」を覚えていられなくなります。AI に渡す情報を整えるための仕組みが、自分の頭の中の整理コストを増やす方向に働き始めたら、それは設定ファイルが過剰に増えた兆候です。
判断基準としては、月に 1 回でよいので「このファイルは過去 1 か月で参照したか」を棚卸しし、参照していないファイルは統合候補としてマークします。設定ファイルの目的は「自分が同じことを何度も書かなくて済む」ことであり、ファイル数を増やすこと自体ではありません。
CLAUDE.mdに残す内容と残さない内容の見分け方
CLAUDE.mdにはプロジェクト全員が知るべき前提とディレクトリ案内だけを残すと、AIが毎回読む量を抑えられて指示の遵守率が落ちにくくなります。細かい文体ルール・特定作業の手順・個別成果物のテンプレをCLAUDE.mdに詰め込むと、AIが後半を薄く読む傾向が出るため、ここでは残す内容と残さない内容を判断する3つの問いを並べます。
CLAUDE.mdに残してよい内容
プロジェクト全員が知るべき前提・ディレクトリ案内・スコープ外宣言・よく使うコマンド一覧は、CLAUDE.mdに残します。1つの作業に閉じず、複数の作業で共通する地図情報だけを置く扱いです。
具体的には、リポジトリの目的、入力ファイル / 出力ファイルの場所、参照する既存資産の場所、本リポジトリでは扱わない領域 (スコープ外)、頻繁に呼び出すコマンドの一覧が該当します。たとえば本プロジェクトの CLAUDE.md には「読み取り対象と出力先」「正式運用フロー」「コマンド一覧」「スコープ外」が並んでおり、それぞれは複数の作業 (記事設計・記事生成・監査・改善) で共通参照される地図情報です。
実例としては、本プロジェクト blog-agent は CLAUDE.md 1 個 + rules 17 個 + commands 4 個という構成になっています。CLAUDE.md 本体には判断基準や文体ルールの本文は書かず、rules ファイルへの参照案内に絞っているため、AI が毎回読む CLAUDE.md は短く保てています。
CLAUDE.mdに置くと壊れる内容
細かい文体ルール・特定作業の手順・特定成果物の作成技法・数百行の禁止事項一覧は、CLAUDE.mdには置きません。CLAUDE.mdはAIがセッション開始時に毎回読む構造のため、後半が薄まると後の指示が無視されやすくなります。
実務でよくある失敗は、最初は短かった CLAUDE.md に「この文体で書いてほしい」「この見出し構造で書いてほしい」「この禁止表現を守ってほしい」と追記し続け、気づくと 500 行を超えている状態です。AI は前半を厚く読み、後半を薄く読む傾向があるため、後半に追加した新しいルールほど守られにくくなる挙動が出ます。
判断基準としては、CLAUDE.md に書こうとしている内容が「特定の作業 (記事執筆だけ / 監査だけ) でしか使わない」「分量が 30 行を超える」「禁止事項の列挙」「文体や粒度の細かいルール」に該当する場合は、rules ファイルとして切り出すサインです。
残すかどうかを判断する3つの問い
「全員が知るべき前提か」「複数作業で共通する内容か」「他ファイルへの参照案内として機能するか」の3つに該当しない内容はCLAUDE.mdには置きません。本プロジェクトのCLAUDE.mdは17個のrulesファイルへの参照案内に絞っており、本文の細部はすべて切り出されています。
判断順としては、「(1) この内容は新しく参加した人 / 新しいセッションで AI が必ず知るべきか」を最初に問い、「(2) 複数の作業 (記事執筆・監査・改善・自動化) で共通参照されるか」「(3) ここに書くのは本文か、それとも別ファイルへの参照案内か」を順に確認します。3 つすべてに「はい」と答えられる内容だけ CLAUDE.md に置き、それ以外は rules ファイルへ移します。
実例として、本プロジェクトの CLAUDE.md には rules ファイル群への参照案内表が置かれており、ルール本体は各 rules ファイル側に切り出されています。本文の細部 (どんな文体で書くか / どんな見出しにするか / どんな画像配置にするか) はすべて rules 各ファイルに置かれており、CLAUDE.md からは参照リンクで案内する構造になっています。
rulesに切り出す判断基準
「ルール」という言葉が業務手順としても出てくるため、ここでのrulesがどちらを指すのか分からなくなっていませんか。本記事のrulesはAIが読んで守る制約ファイルを指し、何度も守らせたい禁止事項・品質基準・複数作業で共通する制約をCLAUDE.mdから切り出した置き場所です。切り出すか迷ったら、繰り返し守らせたいか・複数作業で共通か・変更履歴を残したいかの3点で判断できます。
rulesに切り出すと運用が楽になる内容
何度も守らせたい禁止事項・文体ルール・命名規則・記事構成テンプレ・複数のcommandから共通参照する制約は、rulesに切り出すとCLAUDE.mdが肥大しません。1ファイル1テーマで配置すると、変更履歴も追いやすくなります。
具体的な例としては、「本文はです・ます調で書く」「見出しは名詞止め」「画像ファイル名は <slug>-NN.png」「内部リンクは [<title>](/<slug>/) 形式」のような、複数の作業 (記事執筆・監査・改善) で共通に守らせたい制約です。これらは作業手順そのものではなく、作業した結果が満たすべき品質基準にあたるため、rules ファイルとして切り出して 1 ファイル 1 テーマで配置するのが向いています。
各定義 (rules / commands / skills / instructions の違い) は、AIはChatで使うだけではない｜手で使うAIと自動で動くAIの違い で扱っています。定義そのものを再掲する代わりに、本記事はあくまで「切り出すか / 残すか」の判断軸だけに絞ります。
rulesに切り出さない方がよい内容
1回限りの例外・まだ繰り返すか分からない試行段階・作業手順そのもの・特定成果物の作成技法は、rulesに置かず通常プロンプト・command・skill側で扱います。試行中の指示をrulesに入れると、後で剥がす作業が発生します。
たとえば「今回だけこの記事は文体を変えて書いてほしい」「この記事だけ画像を 5 枚にしたい」のような 1 回限りの例外は、rules に入れる前に通常プロンプトで試します。3 回以上同じ例外が必要になった時点で「これは記事種別ごとのルールかもしれない」と気付けるため、その時点で rules への切り出しを検討します。試行段階で rules に入れると、ルールが固まっていない状態のまま AI に守らせることになり、後で剥がすときに「このルールはどの記事のために入れたんだっけ」となります。
また、「記事を 1 本書く」「監査を 1 回回す」のような作業手順そのものは rules ではなく commands 側で扱います。rules は「作業した結果が満たすべき制約」を扱い、「作業の進め方」は扱わない、と分けるのが判断軸として安定します。
業務手順の分類ルールとの別レイヤー確認
ここで切り出すrulesは、AIが読んで守る制約ファイルです。読者自身が業務手順を分類するための入力ルール・分類ルール・出力ルールとは別レイヤーであり、同じ「ルール」という言葉でも置き場所が異なります。
業務手順としての分類ルール (人間が書く業務分類規範) については、個人でAI自動化を運用するための入力・分類・出力ルール で扱っています。本記事の rules は Claude Code が読む制約ファイル (リポジトリ内の rules/*.md) を指しており、業務手順としての分類規範とは別物です。両者を混ぜると「ルールを書く場所」と「業務手順を書く場所」が混在してしまうため、明示的に別レイヤーとして扱います。
判断基準としては、「AI が読んで守る制約か」「人間が業務を分類するための規範か」をまず分け、前者だけを本記事の rules として扱います。後者は別の場所 (社内 wiki / 業務ドキュメント / Notion 等) に置くか、または別の名称 (分類ガイド / 業務手順書) で管理します。
commandsと通常プロンプトの使い分け
commandsは人間が「今からこの作業を始める」と明示的に呼び出すコマンドとして配置し、通常プロンプトは一度だけ試したい依頼を雑に渡せる場所のまま残します。両者の境界は、毎回同じ手順をたどるかどうかと、プロンプト本体がコピペできないほど長くなっているかどうかで判断します。
commandsにして再利用する作業
毎回同じ手順を辿る作業・途中で停止条件を挟む作業・プロンプト本体が長すぎてコピペできない作業は、commandsにすると呼び出しが軽くなります。Brief作成 / 下書き作成 / 監査 / 改善案出しのように、作業単位として呼び出したいものが対象です。
具体的には、本プロジェクト blog-agent では /blog-plan (記事設計) / /blog-draft (記事下書き生成) / /blog-audit (既存記事監査) / /blog-improve (記事改善案) の 4 つを commands として配置しています。それぞれは「何ステップで進めるか」「途中でユーザーに確認を取るか」「どのファイルを Read してから始めるか」が決まっているため、毎回プロンプトに長文を貼り直すよりも、commands として固定した方が呼び出しが安定します。
commands の定義そのもの (どう書くか) は、AIはChatで使うだけではない｜手で使うAIと自動で動くAIの違い 側で扱っています。本記事は「どんな作業を commands にすべきか」の判断軸に絞ります。
通常プロンプトのまま残す依頼
1回限りの相談・まだ繰り返すか分からない依頼・固まっていない試行段階の指示は、commands化せず通常プロンプトのまま渡します。3回以上同じ手順を繰り返してから分離検討する流れに揃えると、commandが過剰に増えません。
たとえば「この記事の冒頭だけ書き直してほしい」「この設定ファイルの構造を相談したい」のような 1 回限りの依頼は、commands にせず通常プロンプトで渡します。同じ依頼が 2 回目に来た時点ではまだ commands 化せず、「次もう一度同じ依頼が来たら commands にする」という 3 回目を分離の合図にすると、commands が雑多に増えるのを防げます。
判断基準としては、「この依頼は今後も繰り返すか」「手順が固まっているか」「プロンプトが長すぎてコピペが大変か」を確認します。3 つ揃って初めて commands 化を検討し、揃わないうちは通常プロンプトのまま渡し続けます。
使い分けで確認する4つの問い
「人間が明示的に開始するか」「毎回同じ手順か」「途中に停止条件があるか」「プロンプトが長すぎるか」の4点を確認すると、commandsに切り出すか通常プロンプトに残すかが分かれます。常時守らせたい制約はcommandsではなくrules側で扱う点もここで分けます。
4 問いの判定順としては、(1) 人間が「今から始める」と明示的に呼び出すなら commands 寄り、(2) 手順が毎回同じなら commands 寄り、(3) 途中で「ここでユーザーに確認」を挟むなら commands 寄り、(4) プロンプトが長すぎてコピペできないなら commands 寄り、と順に確認します。
ここで重要なのが、常時守らせたい制約 (例: 文体ルール / 命名規則) は commands ではなく rules 側で扱う点です。commands は「作業を始める」呼び出しであり、「作業中ずっと守らせる制約」は rules に置いて、commands 内から rules を参照する形にします。両者を混ぜると、ルールが commands のたびにコピーされてしまい、修正時に複数箇所を直す必要が出てきます。
skillsを作るか判断する基準
skillsと言われても、どんな作業を任せる仕組みなのか分かりにくいですよね。ここでは「特定の種類の成果物を作る技能」と考え、テンプレ・素材・スクリプトをまとめて持たせたい作業に絞って作るか判断します。commandが作業の開始ボタンなのに対し、skillsは呼び出された後の成果物作成技能として再利用される位置にあります。
skillsが活きる成果物作成
特定種類の成果物を作る手順・素材・テンプレ・スクリプトが揃っている作業は、skillsにすると複数のcommandから再利用できます。画像仕様作成・PDF整理・テンプレ流し込みのように、技能セットとして固まった単位が対象です。
たとえば「画像仕様 Markdown を作る」「PDF を Markdown に整理する」「特定テンプレートに記事を流し込む」のように、成果物の種類が固定されていて、必要な手順・素材・スクリプトをひとまとめにできる作業が skills 向けです。複数の commands (記事執筆 / 記事改善 / 監査) から同じ skills を呼び出せるようにしておくと、技能セットを 1 箇所にまとめておける利点があります。
skills の仕組み詳細 (workflow / task / handoff の関係) については、AIはChatで使うだけではない｜手で使うAIと自動で動くAIの違い 側を参照してください。本記事は「skills を作るか / 作らないか」の判断軸だけに絞ります。
skillsにしない方がよい作業
中身がプロンプト1個分の薄い指示・1回限りの作業・起動するだけの作業開始ボタンは、skillsにせずrules / 通常プロンプト / commandで扱います。呼び出し頻度が低いskillは管理負荷だけが残ります。
具体的には、「ファイルを 1 個書き換える」「特定のチェックを 1 回回す」のように、プロンプト 1 個分で完結する指示は skills にしません。skills として配置するには「テンプレ」「素材」「複数手順」「スクリプト」がまとまっている必要があり、それらが揃わない作業は通常プロンプトか commands のままで十分です。
また、「呼び出し頻度が月 1 回未満」の skills は管理負荷の方が大きくなるため、作る前に「これは本当に skills として再利用されるのか」を確認します。再利用されない skills は、剥がして commands または通常プロンプトに戻した方がメンテナンスコストが下がります。
commandとskillの境界線
commandは「今からこの作業を始める」という呼び出しコマンドで、skillは呼び出された後に成果物を作る技能です。本プロジェクトでは現状skillsを独立配置せず、rulesとagentsが技能セットの役割を担う形になっており、運用人数や呼び出し頻度に応じて分離する選択肢を残しています。
役割の分け方としては、command = 作業を開始するための呼び出しボタン (/blog-draft を実行する / /blog-audit を実行する)、skill = 呼び出された後の成果物作成技能 (記事下書きの本文を組み立てる / 画像仕様を作る / 監査レポートを書く) と整理できます。command の中から skill を呼ぶ構造が典型で、命名としても「command は動詞 (draft する / audit する)」「skill は名詞 (記事下書き / 監査レポート)」と寄せると役割が混ざりません。
本プロジェクトでは現状、skills を独立ディレクトリで配置せず、.claude/agents/ 配下の agents (blog-writer / blog-reviewer 等) と rules ファイル群が技能セットの役割を兼ねている形です。運用人数が増えて「同じ skill を複数 command から呼ぶ場面が 3 回以上発生したら」、独立 skills として分離する判断に切り替える設計余地を残しています。
小さく始めて後から分離する運用
最初から5つに分けようとせず、CLAUDE.mdだけで始めて繰り返し発生したものをrules / commands / skillsに切り出す順序にすると、設定ファイルが過剰に増えません。本セクションでは7ステップの推奨フローと、200行を超える・3回繰り返す等の経験則による4つの閾値を渡し、自分の運用ルールを記録する方法も並べます。
7ステップの推奨フロー
CLAUDE.mdに集める → rulesに切り出す → commandsにする → skillsにする → 通常プロンプトを残す → 重複を整理する → 分離理由を記録する、の7ステップで段階的に分けると過剰になりません。すべて最初から分けようとせず、繰り返し発生したものだけを切り出す順序で並べます。
具体的な進め方としては、まず CLAUDE.md に書ける範囲をすべて書きます。書きながら「これは複数作業で共通する」と気付いた制約は rules ファイルへ切り出し、「これは作業単位として呼び出したい」と気付いた手順は commands へ切り出します。さらに「成果物作成技能としてまとまっている」と気付いたものを skills として独立配置するかを検討し、まだ繰り返すか分からない試行段階の指示は通常プロンプトに残します。最後に同じ意味の指示が複数箇所に重複していないかを整理し、なぜそこへ分離したかを 1 行コメントで記録します。
順序を守る理由は、最初から完璧に分けようとすると「どこに置くべきか」の判断で手が止まり、AI に何も指示できないまま時間が過ぎるためです。CLAUDE.md だけで始め、運用しながら繰り返し発生したものだけを切り出す流れにすると、過剰に増える前に必要な分量だけが残ります。
切り出しの目安になる4つの閾値
「同じ依頼を3回以上繰り返した」「CLAUDE.mdが200行を超えた」「プロンプトの先頭1/3が毎回同じ」「同じテンプレを複数作業から呼んでいる」の4つを目安にすると、切り出しタイミングが揃います。これらは経験則であり、公式推奨値ではないため、プロジェクトのサイズと運用人数で調整します。
4 つの閾値はそれぞれ別の分離先に対応します。「同じ依頼を 3 回以上繰り返した」は commands への切り出し合図、「CLAUDE.md が 200 行を超えた」は rules への切り出し合図、「プロンプトの先頭 1/3 が毎回同じ」は rules ファイルとしての制約切り出し合図、「同じテンプレを複数作業から呼んでいる」は skills への切り出し合図、と対応関係を持っています。
これらの数値 (3 回 / 200 行) は公式の推奨値ではなく、本プロジェクト blog-agent と cc-wiki ボールトでの運用経験から得た目安値です。チームサイズ・記事数・呼び出し頻度に応じて、数値は調整して構いません。重要なのは「数値そのもの」ではなく、「切り出しタイミングを揃えるための合図」を事前に決めておくことです。
分離した理由を記録する意味
「いつ・なぜ・どこから切り出したか」を1行コメントでも残すと、後の棚卸しで戻すか維持するかの判断ができます。本プロジェクトのrules各ファイル冒頭の「恒久ルール」「ユーザー明示指示がない限り変更しない」も、この記録運用の一例として機能しています。
具体的には、新しく rules ファイルを切り出したときに、そのファイルの冒頭に「いつ作ったか」「なぜ CLAUDE.md から切り出したか」「変更時に確認すべき他ファイル」を 1 行ずつ書き残します。本プロジェクトの rules 各ファイル冒頭にある「ユーザーの明示指示がない限り変更しない」「他のすべてのルール文書・コマンド定義・エージェント定義は本ファイルを参照する」も、この記録運用の一例です。
数か月後に「このルールはなぜここに切り出したんだっけ」と棚卸しするときに、記録が 1 行でもあれば、戻すべきか維持すべきかが判断できます。記録がない切り出しは、後で剥がすか統合するかの判断に毎回時間がかかるため、切り出しと同時に理由を残す習慣を持つと棚卸しが軽くなります。
まとめ
設定ファイルは増やすことが目的ではなく、判断基準で5つに分け直してAIに同じ品質で繰り返し作業させるための整理として扱うと過剰になりません。本文で並べた5ファイルごとの判断基準と、迷ったら通常プロンプトに戻して試した上で分離する順序を続けると、運用が壊れにくくなります。
整理すると、CLAUDE.md は全員が知るべき前提とディレクトリ案内に絞り、rules は何度も守らせたい制約 (1 ファイル 1 テーマ)、commands は人間が明示的に呼び出す作業の開始ボタン、skills は呼び出された後の成果物作成技能、通常プロンプトは試行段階の依頼、という役割分担になります。すべて最初から分けようとせず、CLAUDE.md だけで始めて「3 回繰り返した」「200 行を超えた」「先頭 1/3 が毎回同じ」「同じテンプレを複数作業から呼ぶ」の 4 閾値を切り出しの合図に使うと、過剰に増える前に必要な分量だけが残ります。
判断に迷ったときは「rules に書くべきか / commands に置くべきか」を決めようとせず、まず通常プロンプトで 1〜2 回試します。3 回目で同じ依頼が来たときに、繰り返すか・共通か・明示開始か・成果物固有か、の 4 問いを通して切り出し先を決めると、置き場所を迷い続ける時間を減らせます。
関連解説
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